La prise des congés doit être organisée en tenant compte des impératifs de l'entreprise et des besoins de formation de l'étudiant en alternance. Il est donc recommandé de planifier les congés en accord avec l'employeur et le centre de formation. En cas de rupture anticipée du contrat d'alternance, l'étudiant a droit à une indemnité compensatrice de congés payés pour les jours de congés non pris.En plus des congés payés légaux, les étudiants en alternance peuvent également bénéficier de jours de congés spécifiques, tels que les congés pour événements familiaux (mariage, naissance, décès d'un proche), les congés pour formation ou les congés d'ancienneté, en fonction des dispositions prévues par la convention collective ou l'accord d'entreprise.